符合手缝吻合的病例，均可采用器械吻合。具体说，吻合器适用于食管、胃、十二指肠、小肠、结肠、直肠、胆道等各种手术的端端、端侧、侧侧吻合。缝合器适用于消化道、胰腺、肺、甲状腺等脏器的缝合。
使用此类器械手术的优点是操作简便，缩短手术时间（仅需数分钟），减少出血量，手术创伤轻和并发症少。特别使用于显露操作困难的食管贲门以及低位直肠手术，还有危重病人需要尽快结束手术者。由于在器械吻合中使用缝合器是先缝合封闭后再切割，因此，降低了腹腔受污染的机会，同时也能有效地减少胃肠道肿瘤癌细胞脱落与种植的可能。

消化道粘膜水肿，肌层过厚，愈合能力差，不宜使用。管腔过细或管壁肌层过薄，易发生管壁撕裂。首次机械吻合失败，原则上不宜再做第二次吻合，因为管壁切缘不整齐，且组织受到器械的严重压榨而血运不良，而且吻合口已扩大，再次吻合很难获得成功。管壁切端疑有癌组织残留，或切端损伤严重者，也不宜做机械吻合。其他与手缝吻合反指征一致。